4. Uluslararası Beyaz Et Kongresi

uçlara yaklaşık 25 bazlık adaptörler takılarak barkodlama işlemi gerçekleştirildi. Tavuk sekumu
içindeki bakteri miktarını belirlemek için RT- PCR kullanıldı. Bu adımı takiben, emülsiyon
PCR’ı Ion Sphere parçacıkları üzerinde gerçekleştirildi. Kalıp DNA’lar ile kaplanmış Ion
Sphere mikropartiküller Ion Chip’lere kısa bir santrifüjleme basamağı ile yüklendi. Ardından
bu çip PGM cihazına yüklendi. Bu parçacıklar üzerindeki adaptörlere bağlanmış primerlerin
kullanımıyla hedef DNA’nın amplifikasyonu sırasında, diziye giren her bir nükleotit ortam
pH’ında değişikliklere neden olarak Ion Chip vasıtasıyla cihaz server’ına aktarıldı. Ardından bu
veriler İon Reporter yeni nesil sekans veri analizi programında işlendi.
Bulgular
Haritalandırılan, düşük kopya sayılı ve haritalandırılamayan okumalarda bu primerlerin
farklı oranlarda fakat benzer sıralamada çalıştığı belirlendi. Metagenomik analizin konsensus
sonuçlarına göre familya düzeyinde 39, cins düzeyinde 35 ve tür düzeyinde 30 OTU
(operasyonel taksonomik unite) belirlenirken, %0.2 homoloji düzeyindeki en yakın okumalar
dikkate alındığında familya düzeyinde 3, cins düzeyinde 68 ve tür düzeyinde 143 yeni OTU
eklendi.
Tartışma ve Sonuç
Tavuk sekumuna ait mikrobiyom analizi yapılırken sekanslanan16S rDNA’nın farklı primer
bölgelerinin duyarlılığı, bir diğer deyişle ayırım eşiği bakteri identifikasyonuna etkisi
incelendiğinde elde edilen bulgulara göre; yeni eklenen OTU’lerin tümü konsensusta bildirilen
filumlar içinde bulunurken, taksonomide 3 yeni takım ve 1 yeni sınıf eklendiği belirlendi. Buna
bağlı olarak mikrobiyom analizinde bakteriyel taksonun belirlenmesinde farklı primer setlerinin
farklı oranlarda çalıştığı belirlendi.
Bu çalışma ile tavuk sekum mikrobiyomu içinde farklı bakteri taksonlarına ait 16S rDNA
üzerinde farklı primer setlerinin farklı oranlarda okuma yaparak metagenomik analiz ile
duyarlılık oranı araştırıldı.
Kaynaklar
1. Dijk EL, Auger H, Jaszczyszyn Y, Thermes C. Ten years of next-generation sequencing
technology. Trends Genet. 2014; 30(9): 418-426.
559