MDCK-MRP2 - Dkfz

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Forschungsschwerpunkt B
Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
Abteilung Funktionelle Genomanalyse (B070)
Leiter: Dr. Jörg Hoheisel
Wissenschaftler
Dr. Verena Aign (4/02-) Dr. Tim Beißbarth (-6/02)
Dr. Kurt Fellenberg (2/02-) Dr. Robert Fleischer
Dr. Marcus Frohme Dr. Anette Jacob
Dr. Zheng Li (10/03-) Dr. Timo Pulli (1/03-)
Dr. Marcel Scheideler (3-8/02) Dr. Iana Syagailo
Dr. Dimitrij Zubakov (-12/02)
Gastwissenschaftler
Dr. Nicole Hauser (Stuttgart; 6/01-)
Dr. Sara Marsal Barill (Barcelona, Spanien; 6 - 7/03)
Raphael Martinez (Mexico City, Mexiko; 2/03-)
Janne Pullat (Tartu, Estland; 3 - 12/02)
Prof. Josefa Salgado (Sevilla, Spanien; 11 - 12/02)
Dr. Marc Valle (Madrid, Spanien; 7 - 8/02)
Dr. Olaf Witt (Universität Göttingen; 11/02-12/03)
Dr. Li Zheng (Schanghai, China; -9/03)
Dr. Dimitrij Zubakov (Universität Heidelberg; 1/03-)
Doktoranden
Verena Aign (-3/02) Andrea Bauer
Boris Beckmann Jürgen Beigel (-3/02)
Anette Boerner (12/03-) Ole Brandt
Stefanie Brems (3/03-) Christian Busold (1/02-)
Kurt Fellenberg (-2/02) Yi-Ping Lin (11/03-)
Susanne Grahlmann (-8/02) Volker Hollich (11/02-11/03)
Tamara Korica Wladislaw Kusnezov
Anja Petersohn (-6/02) Janne Pullat (1/03-11/03)
Michaela Schanne (6/02-) Diana Stjepandic
Simone Würtz (-6/03)
Technisches Personal
Melanie Bier Claudia Czink (-3/02)
Tarik Hamid (2 - 4/02) Julia Klopp (1 - 5/03)
Nina Kosmis (3/02 - 8/03) Sven Rüffer (2/03-)
Marita Schrenk Sandra Schwarz
Achim Stephan Jessica Werdermann (8/01-)
Diplomanden
Klára Drábková (10/03-) Julia Klopp (3-12/02)
Chunguang Liang (9/03-) Jorge Soza Ried (5-12/03)
Alexandra Walijew (-5/02)
Studenten
Meju Dominic (11/03-) Sonja Egolf (9/02-3/03)
Anja Koschmieder (10/03-) Nicola Rath (6-10/03)
Caren Raule (9/02-6/03) Jochen Rudolph (7-9/02)
Christoph Schröder (11-12/03)
Auszubildende
Raphael Bleier (9/02-5/03) Jana Faut (4-11/03)
Tarik Hamid (-1/02) Susannah Heck (9/02-5/03)
Simone Jünger (5/03-) Jessica Kimmel (-7/02)
Nadine Krenzer (10/03-) Jochen Kreth (10/02-9/03)
Melanie Lehr (-9/02) Daniela Muth (10/03-)
Sven Rüffer (5/02-1/03)
Sekretariat
Anke Mahler Fabian Unkrig (8/03-)
Abteilung B070
Funktionelle Genomanalyse
DKFZ 2004: Wissenschaftlicher Ergebnisbericht 2002 - 2003
Die Arbeiten der Abteilung Funktionelle Genomanalyse
zielen auf die Entwicklung und unmittelbare Anwendung
neuer Technologien zur Produktion und Prozessierung
biologischer Information auf ganz-genomischer Ebene
mit dem Ziel einer Beschreibung und Analyse der
zellulären Umsetzung der genetischen Information und
der Regulation dieser Vorgänge. Ein Schwerpunkt liegt
dabei im Gebiet der DNA-, Protein- und Peptid-Microarrays.
Dabei werden biophysikalische und chemischen
Fazetten der Chipherstellung sowie Gesichtspunkte der
Datenanalyse weiter entwickelt, um durch das grundlegende
Verständnis methodischer Aspekte verbesserte
Analyseverfahren zu etablieren. Aufbauend auf den rein
technischen Entwicklungen werden die Methoden unmittelbar
in biologisch und biomedizinisch motivierten
Studien angewandt, die an zahlreichen Organismen
durchgeführt werden. Hinsichtlich der Analyse von
menschlichem Probenmaterial werden - mit dem Schwergewicht
im Bereich bestimmter Tumore - Systeme zur
Frühdiagnose, Krankheitsprognose und zur begleitenden
Analyse des Behandlungserfolgs etabliert. Viele der Projekte
werden im Rahmen nationaler oder internationaler
Kooperationen und Programme durchgeführt.
Neben anderen Anwendungen arbeiten wir im Bereich
der molekularen Epidemiologie zum Beispiel an der Identifizierung
und anwendungsbezogenen Umsetzung von
krankheitsrelevanten Einzelbasenaustauschen (‚single
nucleotide polymorphisms‘; SNPs). Gleichzeitig wird die
Genotypisierung bestimmter pathogener Organismen
und Viren verfolgt. Die Analyse epigenetischer Variationen
ist ein weiterer Schwerpunkt unserer Arbeiten. Vergleichende
Studien von Veränderungen in den Transkriptmengen
aller Gene und der tatsächlichen Proteinexpression
mit Blick auf die sich daraus ergebenden (phänotypischen)
Konsequenzen sind ebenfalls im Gange und
werden weiter vertieft. Dazu werden auch neuartige
Prozesse wie Verfahren zur Selektion relevanter Sensormoleküle
entwickelt, die beispielsweise die Bereitstellung
von Bibliotheken hoch-affiner und spezifischer Antikörper
erlauben. Die Abteilung ist im kleineren Maße auch noch
in der Kartierung und Sequenzierung ganzer Genome aktiv.
Diese Arbeiten stellen meist einen Vorlauf für weitergehende
funktionelle Analysen dar. Ein weiteres Ziel ist
die Etablierung neuartiger Methoden zur Untersuchungen
der Korrelation von DNA-Struktur und Enzymaktivität,
mit Perspektiven in der reinen Analytik und dem
grundlegenden Verständnis von Protein-Nukleinsäure
Wechselwirkungen.