MDCK-MRP2 - Dkfz
MDCK-MRP2 - Dkfz
MDCK-MRP2 - Dkfz
Sie wollen auch ein ePaper? Erhöhen Sie die Reichweite Ihrer Titel.
YUMPU macht aus Druck-PDFs automatisch weboptimierte ePaper, die Google liebt.
Forschungsschwerpunkt B<br />
Funktionelle und Strukturelle Genomforschung<br />
Zentrale Proteinanalytik (B100)<br />
Leiterin: Dr. Martina Schnölzer<br />
Wissenschaftl. Mitarbeiter<br />
Dr. Tore Kempf<br />
Dr. Barbara Überle (1/02 - 4/03 seit 05/03 - Mutterschaftsurlaub)<br />
Dr. Silke Wandschneider (1/03 - )<br />
Dr. Uwe Warnken (8/03 - )<br />
Dr. Bela Paizs (6/03 - )<br />
Gastwissenschaftler<br />
Dr. Andrea Urbani , Rom, Italien ( - 12/02)<br />
Marialuisa Casella (4 - 7/02)<br />
Doktoranden<br />
Wilma Dormeyer (11/00 - )<br />
Claudio Diema (8/03 - )<br />
Technische Mitarbeiter<br />
Sabine Fiedler ( - 2/02 4Std./Woche, 3/02- 19 Std./Woche)<br />
Gerda Baumann ( - 7/03)<br />
Bettina Helfert (7/02-12/03)<br />
Sebastian Sobiesiak(3/02 -)<br />
1998 wurde die Einheit „Zentrale Proteinanalytik“ am<br />
DKFZ eingerichtet. Diese Maßnahme hatte sich als notwendig<br />
erwiesenen, um der wachsenden Nachfrage<br />
nach zuverlässigen und sensitiven Analysen mithilfe moderner<br />
analytischer Methoden gerecht zu werden. Den<br />
Forschungsgruppen des DKFZ wird die Identifizierung<br />
und Charakterisierung von Proteinen und ihrer posttranslationalen<br />
Modifikationen angeboten. Ausgangsmaterial<br />
für die Analysen sind üblicherweise SDS-PAGE-getrennt<br />
Proteine, die im Gel mit Trypsin verdaut werden.<br />
Die generierten Peptidfragmente werden am MALDI-TOF<br />
(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight)-<br />
Massenspektrometer analysiert und mit Hilfe des Peptidmassenfingerprints<br />
per Datenbanksuche identifiziert. Zusätzliche<br />
Analysemöglichkeiten erhält man durch LC-ESI<br />
MS/MS (liquid chromatography-electrospray-ionization<br />
MS/MS und MALDI PSD (post source decay) Experimente.<br />
Die gewonnenen Informationen dienen als Grundlage für<br />
die Synthese von Peptiden und Oligonukleotiden, welche<br />
als Werkzeuge für weitere Studien eingesetzt werden<br />
können.<br />
B100<br />
Zentrale Proteinanalytik<br />
Analyse von Peptiden und Proteinen<br />
W. Dormeyer, T. Kempf, M. Schnölzer, B. Ueberle<br />
Identifizierung und Charakterisierung von<br />
Proteinen und ihren posttranslationalen<br />
Modifikationen<br />
Für die Analytik stehen der Einheit folgende Geräte zur<br />
Verfügung: Zwei MALDI-TOF-Massenspektrometer (Reflex<br />
II, Bruker Daltonik und M@LDI, Micromass), ein nano-HPLCgekoppeltes<br />
(Ultimate, Dionex) ESI-Iontrap-Massenspektrometer<br />
(LCQ, ThermoFinnigan) und ein ESI-Q-TOF Massenspektrometer<br />
(Q-TOF Ultima, Micromass) und ein Edman-<br />
Sequenzer (Procise cLC, Applied Biosystems) .<br />
Die meisten Analysen werden derzeit mit Hilfe der MALDI<br />
Technik durchgeführt. Aufgrund der hohen Sensitivität und<br />
Massengenauigkeit können 80% der Proteine durch<br />
Massenfingerprints oder in Kombination mit MALDI PSD identifiziert<br />
werden.<br />
Für Kunden innerhalb des DKFZ und für externe Gruppen<br />
werden jedes Jahr etwa 400 Analysen durchgeführt.<br />
Als Teil des Nationalen Genomforschungsnetzwerks (NGFN)<br />
im Kernbereich 4 (Protein-Protein Interaktionen) werden<br />
rekombinante Proteine und Proteininteraktionen mit Hilfe<br />
der Massenspektrometrie untersucht. Weitere Analysen<br />
werden für NGFN-Partner innerhalb der krankheitsorientierten<br />
Netzwerke „Krebs“ und „Erkrankungen des Nervensystems“<br />
durchgeführt. Für Partner innerhalb des NGFN<br />
Netzwerks wurden in 2 Jahren etwa 700 Proben erfolgreich<br />
analysiert.<br />
Daneben bestehen Kooperationen mit verschiedenen Forschungsgruppen<br />
des Hauses und zahlreichen externen Forschungsgruppen.<br />
Neben der Identifizierung und Charakterisierung einzelner<br />
Proteine konnten Proteinmodifikationen lokalisiert werden<br />
und im Rahmen weiterer Arbeiten konnten Proteininteraktionen,<br />
funktionelle Bestandteile von Proteinkomplexen<br />
und Proteome analysiert werden.<br />
Identifizierung und Interaktion von Proteinen<br />
In Kooperation mit: I. Hofmann, DKFZ<br />
Plakophilin 2 kommt sowohl in den cytoplasmatischen Plaques<br />
von Desmosomen als auch in extrahierbarer Form im<br />
Nukleoplasma vor. Es konnte gezeigt werden, dass zwei<br />
nukleäre Partikel existieren, die Plakophilin2 und die größte<br />
Untereinheit von RNA Polymerase III (RPC155) enthalten.<br />
[3]<br />
In Kooperation mit M. Drobny, Technische Universität Darmstadt<br />
Anhand der Modellpflanze Nicotiana tabacum L. wurde auf<br />
Proteinebene die Zusammensetzung der Untereinheiten<br />
der Vase<br />
untersucht. V-ATPase wurde mit Hilfe Triton X-100<br />
aus Tonoplasten solubilisiert und anschließend immunpräzipitiert.<br />
In der gereinigten Fraktion konnten 12 Proteine<br />
nachgewiesen werden. Davon konnten 11 Proteine durch<br />
MALDI Analyse als die Untereinheiten A, B, C, D, F, G, c d<br />
und drei Isoformen der Untereinheit E identifiziert werden.<br />
[1]<br />
Nachweis der H(+) transportierenden V-ATPase Untereinheit<br />
D und von zwei verschieden E-Untereinheiten in Blättern<br />
von Kalanchoe daigremontiana. [16]<br />
DKFZ 2004: Wissenschaftlicher Ergebnisbericht 2002 - 2003<br />
155
Change language