MDCK-MRP2 - Dkfz

Forschungsschwerpunkt B
Funktionelle und Strukturelle Genomforschung Übersicht
ster Zeit Techniken entstanden, die einen Zusammenhang
zwischen genomischer Struktur und Funktion herstellen.
Ein Beispiel hierfür ist die DNA-Chip- Technologie, welche
das Screening des Expressionslevels aller Gene eines Organismus
bei unterschiedlichen Bedingungen in einem Experiment
erlaubt. Mit dieser Technologie ist die Untersuchung
der genetischen Wirkungsweise bestimmter Medikamente
möglich geworden, womit gleichzeitig eine Optimierung
der Entwicklung neuer Medikamente und Therapien erreicht
werden konnte.
Hochdurchsatz-Techniken erzeugen eine immense Datenmenge,
die ohne computergestützte Analyse kaum oder
gar nicht analysiert werden kann. Die Entwicklung computergestützter
Methoden zur Analyse komplexer Daten in
der Molekularbiologie und die Entwicklung von Modellen
und computerunterstützter Methoden in der Zellbiologie
stellen den Kern der Forschung in der im Jahre 2000 am
DKFZ etablierten Arbeitsgruppe dar.
In der Zentralen Spektroskopie (ZS) wird, neben der
routinemäßigen analytischen Dienstleistung (Aufklärung von
Molekülstrukturen mittels Kernspinresonanz (NMR),
Massenspektrometrie (MS) sowie IR- und UV-Spektroskopie),
an der Entwicklung und Anwendung neuer Analyse-
Verfahren in der Krebsforschung gearbeitet. Die Schwerpunkte
der MS-Anwendungen sind Phospholipid-, Proteinund
Peptidanalytik. Mit der MR-Spektroskopie bzw. Hochfeld-MR-Bildgebung
in vivo werden u.a. Pharmakokinetik,
Tumormetabolismus und Metastasenwachstum untersucht.
Im Bereich „molecular modeling“ wird ein computerisiertes
Informationssystem bereitgestellt und Untersuchungen zur
Konformation und Dynamik von Oligosacchariden und Glykoproteinen,
sowie über denen Wechselwirkungen werden
durchgeführt.
Aufgabenschwerpunkt der Zentrale Proteinanalytik ist
die Identifizierung, Sequenzierung und Charakterisierung
von Proteinen und Peptiden im Subpikomol-Bereich. Für
diese Aufgaben werden überwiegend moderne massenspektrometrische
Methoden wie MALDI-MS und Electrospray-MS
gekoppelt mit nanoHPLC-Techniken eingesetzt.
Um den Probendurchsatz zu erhöhen, soll die Probenvorbereitung
für die MS-Analyse in verstärktem Maß durch
den Einsatz von Robotern automatisiert werden. Die Identifizierung
und Charakterisierung von posttranslationalen Modifikationen
in Proteinen werden im Rahmen von Kooperationen
mit Arbeitsgruppen des DKFZ durchgeführt. In
Kooperation mit klinischen Partnern in Berlin und Mannheim
werden Proteomprojekte bearbeitet, um diejenigen
Proteine in verschiedenen Tumorzelllinien zu identifizieren,
die an der Entwicklung von Chemoresistenz beteiligt sind.
DKFZ 2004: Wissenschaftlicher Ergebnisbericht 2002 - 2003
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