MDCK-MRP2 - Dkfz

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Forschungsschwerpunkt B
Funktionelle und Strukturelle Genomforschung
Abb. 2: Graphische Darstellung der Struktur des kompletten
Kapsids des Adeno-assozierten Virus (AAV-2), die mittels Röntgenstrukturanalyse
aufgeklärt wurde (links). Der gesamte Komplex
besteht aus insgesamt 60 VP1 monomeren Einheiten. Die
Vergrößerungen stellen jeweils drei VP1 Einheiten (dreifache
Symmetrie) von der Seite (rechts oben) und von oben (rechts
unten) mit einem gebundenen Oligosaccharid dar (negativ geladenem
Heparin, blaue Kalotten, in Wechselwirkung mit positiv
geladenen Arginin und Lysin, rot). Um die Bindungsstellen von
Heparinen zu finden, wurde im Rechner ein virtuelles Abtasten
der Proteinoberfläche mittels eines Docking Verfahrens durchgeführt.
Das Heparin zeigte dabei eine besonders starke
Wechselwirkung mit einer tiefen Einkerbung auf der Proteinoberfläche
in der Nähe der dreifachen Symmetrieachse. Hier
befinden sich in räumlicher Nähe die meisten der aus anderen
Studien bekannten Aminosäuren, die für die Heparin-Bindung als
besonders wichtig sind.
Modellierung homologer makromolekularer
Strukturen
Die Zahl der experimentell bestimmten 3D Proteinstrukturen
nimmt rapide zu, so dass auch für viele krebsrelevante Moleküle
verlässliche Strukturen mit einem wissensbasierten
Ansatz modelliert werden können. Zudem hat sich auch
die Qualität der verwendeten Algorithmen kontinuierlich
verbessert. Da alle notwendigen Daten und ein Großteil
der Programme über das Internet abgerufen werden können,
entwickelt sich eine ständig steigende Nachfrage, diese
Möglichkeiten auch für Fragestellungen aus dem DKFZ zu
nutzen.
Aus diesem Grunde bieten wir einerseits Fortbildungskurse
an, andererseits versuchen wir in Form von Linksammlungen
den interessierten Kollegen einen einfachen Zugang zu den
Datenbanken und Programmen zu eröffnen. Werden
neben den Standardanwendungen zusätzliche, komplexe
Modellierungsschritte [9-12] erforderlich, so führen wir diese
in Kooperation durch.
Publikationen (* = externer Koautor)
[1] *Siebert HC, Frank M, von der Lieth CW, *Jiménez-Barbero J,
*Gabius HJ. Detection of hydroxyl protons. In: NMR Spectroscopy
of Glycoconjugates. J. Jiménez-Barbero, T. Peters (Eds.).
Wiley -VCH, Weinheim (2002) pp. 39-57.
[2] Frank M, Bohne-Lang A, *Wetter T, von der Lieth CW. Rapid
generation of a representative ensemble of N-glycans conformations.
In silico Biol 2 (2002) 427-439.
B090
Zentrale Spektroskopie
DKFZ 2004: Wissenschaftlicher Ergebnisbericht 2002 - 2003
[3] von der Lieth CW, Frank M, *Lindhorst TK. Molecular dynamics
simulations of glycoclusters and glycodendrimers. Rev Mol
Biotech 90 (2002) 311-337.
[4] *Andre S, *Unverzagt C, *Kojima S, Frank M, *Seifert J,
*Fink C, *Kayser K, von der Lieth CW, Gabius HJ. Determination
of modulation of ligand properties of synthetic complex-type
biantennary N-glycans by introduction of bisecting GlcNAc in
silico, in vitro and in vivo. Eur J Biochem 271 (2004) 118-134.
[5] *Siebert HC, *Lu SY, Frank M, *Kramer J, *Wechselberger R,
*Joosten J, *Andre S, *Rittenhouse-Olson K, *Roy R, von der
Lieth CW, *Kaptein R, *Vliegenthart JFG, *Heck AJ, *Gabius HJ.
Analysis of protein-carbohydrate interaction at the lower size
limit of the protein part (15-mer peptide) by NMR spectroscopy,
electrospray ionization mass spectrometry, and molecular modeling.
Biochemistry 41 (2002) 9707-9717.
[6] *Siebert HC, *Andre S, *Lu SY, Frank M, *Kaltner H, *van
Kuik JA, *Korchagina EY, *Bovin N, *Tajkhorshid E, *Kaptein R,
*Vliegenthart JFG, von der Lieth CW, *Jimenez-Barbero J,
*Kopitz J, *Gabius HJ. Unique conformer selection of human
growth-regulatory lectin Galectin-1 for ganglioside GM(1) versus
bacterial toxins. Biochemistry 42 (2003) 14762-14773.
[7] Fournier F, Zeng J, von der Lieth CW, *Waschburn B, *Ahler
T, Schirrmacher V. Importance of serine 200 for functional activities
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Disease Virus. Int J Oncology, (2004) im Druck.
[8] Kern A, Schmidt K, Leder C, Müller OJ, *Wobus CE, Bettinger
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capsids. J Virology 77 (2003) 11072-11081.
[9] Heckl S, Debus J, Jenne J, Pipkorn R, Waldeck W, Spring H,
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nucleus molecular imaging of prostate cancer cells: the last 600
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[10] Heckl S, Pipkorn R, Waldeck W, Spring H, Jenne J, von der
Lieth CW, Corban-Wilhelm H, Debus J, Braun K. Intracellular visualization
of prostate cancer using magnetic resonance imaging.
Cancer Res 63 (2003) 4766-4772.
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bispecific single-chain Fv antibodies. J Mol Biol 330 (2003) 99-
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[12] *Lahm H, *Andre S, *Hoeflich A, *Kaltner H, *Siebert HC,
*Sordat B, von der Lieth CW, *Wolf E, *Gabius HJ. Tumor
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